其实无论肾结石或输尿管结石，形成的原因是多种因素的，复杂的。结石的形成具体跟性别、地理环境、身体内在的因素、遗传、基因有关。就性别来说，男性的发病率较女性高，比例大概为3:1。男性结石高发的年龄是二十到五十岁之间，女性有两个结石高发年龄，分别是30岁左右和55岁绝经以后。女性绝经后发病率高的原因是雌激素水平下降，而雌激素有抑制结石生成的作用。另外还有种族的问题，有些种族的不会得结石的。像黑人生活环境差，天气炎热，但是结石的发病率很低，几乎不长结石。大家猜测可能因为黑人的皮肤能抵挡阳光，使维生素D合成减少。现在还在研究是否黑人有一种基因能抑制结石复发。另外就是本身有一些疾病会引起结石复发。像甲状旁腺功能亢进（甲旁亢），会引起血中和尿中的钙增加。另外像肾小管酸中毒等疾病，也会引起结石。
另外就是尿路有一些梗阻的，像UPJ的梗阻，输尿管梗阻，前列腺肥大。梗阻会使尿液排不出，很多结晶残留在尿路里面，日积月累就形成结石。还有一个原因是饮食结构，我们称为生活方式病。以前我们国家，像很多发展中国家，很多得的结石都是膀胱结石。这是营养不良引起的，因为平时都吃含纤维较多的食物易长膀胱结石。现在结石的结构发生了改变，发展中国家的人几乎都没有膀胱结石了。现代人几乎都是上尿路（主要集中在肾脏和输尿管）结石。主要原因是现代人高蛋白、高糖的饮食习惯引起上尿路的草酸钙结石。这就是生活方式的问题。    
另外就是遗传会引起结石，其中一种是胱氨酸结石，就是一种遗传性的结石。很多病人的父母，或者爷爷得了这种结石，他可能得这种遗传性结石。现在科学发展了，(研究发现)基因异常也会引起结石。为什么两夫妻吃着同样的饭菜，做着同样事，喝着同样的水，为什么只有其中一方得结石呢？那这个就可能是基因方面、或者代谢方面的问题。目前已知的基因跟结石发病有关系的，很明确的是维生素D受体基因，这个基因突变，比没发生突变，结石发病的机会多得多。这是基因方面的一些问题。
总体来说它（结石）是一个很复杂的、多因素的疾病。